相关文章
2020.10.27【GWAS】丨使用vcftools绘制pi（θπ） 选择消除分析图
这两天在整理GWAS流程，发现绘制θπ选择消除分析图在网上只能找到计算π的代码，但是没有绘图代码，于是自己搞了一下，供大家参考。
vcftools --vcf AxiomGT1.calls.vcf --window-pi 1000 --window-pi-step 1000 --out GT1_pi
生成…
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总
1. 参考资料
https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403
环境：linux系统
2. 安装软件
首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux…
那些在vcftools安装上踩的坑
[TOC]那些在vcftools上踩的坑
那些在vcftools安装上踩的坑
近期由于学习需要所以需要安装vcftools做基因比对分析。然后的然后就各种问题来了…
vcftools在kail linux 系统下安装
老生常谈的话题就直接上代码吧。
// 这个想必大家都很熟悉
tar -zxvf vcftools_0.1.13.tar.…
vcftools 安装 （bash autogen.sh ./configure出问题）
安装可以直接从gitclone安装，省略下载安装包及解压的过程，代码如下
git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
官方的教程步骤接下来是配置环境及安装
bash autogen.sh
./configure
make
make install
但是我之前一直在这一步卡了很久…
vcftools-linux-conda安装、使用
shell conda命令安装：
conda install -c bioconda vcftoolsvcftools文档：
OUTPUT FILE OPTIONS--out <output_prefix>This option defines the output filename prefix for all files generated by vcftools. For example, if <prefix> is…
vcftools如何在Linux系统中安装
这里，记录一下vcftools的安装教程。
1. 下载
https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地，上传到服务器中。
2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zipcd vcftools-vcftools-581c231/3. 安装 bash autogen.sh
./configur…
vcftools安装
下载安装VCFtools
下载地址：VCFtools 下载vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz压缩包后
tar zxvf ./vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz
cd /mnt/workspace/wzf/Tools/vcftools-vcftools-d511f46
bash autogen.sh
./configure
make
make install
生信软件19 - vcftools高级用法技巧合辑
VCF文件格式
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是**单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）**等变异。
vcftools软件安装
conda install vcftools -y1. vcftoo…
VCFtools安装和简单试用
VCFtools安装和简单试用
日期：2022-1-21
1. 下载安装VCFtools
在官网（https://vcftools.github.io/index.html）下载VCFtools安装包，下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html，该网页内界面如下所示…
《生物信息学：导论与方法》--本体论、分子通路鉴定--听课笔记（十九）
第九章 本体论、分子通路鉴定
9.4 分子通路鉴定
You have got a set of genes or proteins from your experiments.How can you find out which pathways the proteins belong to?How can you find out which were the most significant pathways?为了后续的计算方便&…
如何查询一个基因和某一个通路的相关性
https://www.163.com/dy/article/G8OKP6M50532ROLT.html
#基因_信号通路 https://www.genecards.org/ #由目标通路中查找通路中的基因？ https://pathcards.genecards.org/ #蛋白相互作用分析
蛋白相互所有分析(PPI)STRING的使用以及网络分析
#共表达分析
GEO中查…
自定义背景基因非模式生物Go富集：使用uniprot数据自行建库，不需要orgdb
需要做一个非模式生物的Go富集，在目前能搜索到的教程里面，大多是通过AnnotationHub检索并抓取OrgDb。但是本次发现这个方法获得的数据库有点问题，
具体过程是下载的org.db和扒下来的某物种全基因组交集太小，导致最后go富集的时候…
（转）基因芯片数据GO和KEGG功能分析
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，…
KEGG数据库以及 KAAS 网站注释
1. KEGG
现在自己用到的KEGG数据库主要是功能注释，下面谈一下我再用KEGG 时候的经验吧。 首先在kaas上传数据做基因的注释。 我们用的是prokka注释过后的faa文件：是蛋白序列。 当然基因序列也可以。 kaas 比对网站 https://www.genome.jp/tools/kaas/ 得…
R -- 关于clusterProfiler富集分析不能用了这事儿
对于读者的日常学习知识和习惯来说，gongzhonghao是更为高效的平台。
scanning below, come on! https://gitee.com/jaychouwong/gongzhonghao/blob/master/关注公众号请扫码.png 大概是因为KEGG数据库更新了，因此clusterProfiler也要使用最新版本的&…
NotFoundError: Failed to execute ‘insertBefore‘ on ‘Node‘: The node before which the new node is to
若依前端框架 开发报错截图 异常表现
管理员功能正常，某个用户异常（权限配置少些）初次加载不异常，二次查询条件下，特定数据下异常。
大致确定大概与v-hasPermi，以及v-if 有关系。
找到问题
<el-butt…
linux下kegg注释软件,工具篇丨GO和KEGG富集不到通路？快试试这个超赞的功能分析工具吧...
原标题：工具篇丨GO和KEGG富集不到通路？快试试这个超赞的功能分析工具吧 i生信 专注生物分析最前沿 定期解读生信文章 提供生信分析思路和套路 方便大家短平快发SCI GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后，都会去做的套路性分析。然鹅……我相信，总有那么一些“倒…
非模式生物富集分析实践-创建OrgDb包/在线快捷富集分析-KOBAS
非模式生物富集分析 文章目录 非模式生物富集分析非模式菌株搜索方法创建OrgDb包GO富集分析KEGG富集分析在线富集分析平台-[KOBAS](http://bioinfo.org/kobas)简介方法说明快速富集分析非模式菌株搜索方法
#BiocManager::install("AnnotationHub")
library("An…
使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4…
0055-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因KEGG注释分析-kobas在线分析
1. 有参物种使用gene ID的方法
1. 差异基因文件准备
只需要用到两列
ENTREZ_GENE_IDlogFC
geneNames ENTREZ_GENE_ID normalAve tumorAve logFC pValue qValue
CCL23 6368 95.05964624 5.566645819 -4.066608903 2.07E-31 5.99E-29
COLEC10 10584 …