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VCFtools安装和简单试用
VCFtools安装和简单试用
日期：2022-1-21
1. 下载安装VCFtools
在官网（https://vcftools.github.io/index.html）下载VCFtools安装包，下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html，该网页内界面如下所示…
《生物信息学：导论与方法》--本体论、分子通路鉴定--听课笔记（十九）
第九章 本体论、分子通路鉴定
9.4 分子通路鉴定
You have got a set of genes or proteins from your experiments.How can you find out which pathways the proteins belong to?How can you find out which were the most significant pathways?为了后续的计算方便&…
如何查询一个基因和某一个通路的相关性
https://www.163.com/dy/article/G8OKP6M50532ROLT.html
#基因_信号通路 https://www.genecards.org/ #由目标通路中查找通路中的基因？ https://pathcards.genecards.org/ #蛋白相互作用分析
蛋白相互所有分析(PPI)STRING的使用以及网络分析
#共表达分析
GEO中查…
自定义背景基因非模式生物Go富集：使用uniprot数据自行建库，不需要orgdb
需要做一个非模式生物的Go富集，在目前能搜索到的教程里面，大多是通过AnnotationHub检索并抓取OrgDb。但是本次发现这个方法获得的数据库有点问题，
具体过程是下载的org.db和扒下来的某物种全基因组交集太小，导致最后go富集的时候…
（转）基因芯片数据GO和KEGG功能分析
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，…
KEGG数据库以及 KAAS 网站注释
1. KEGG
现在自己用到的KEGG数据库主要是功能注释，下面谈一下我再用KEGG 时候的经验吧。 首先在kaas上传数据做基因的注释。 我们用的是prokka注释过后的faa文件：是蛋白序列。 当然基因序列也可以。 kaas 比对网站 https://www.genome.jp/tools/kaas/ 得…
R -- 关于clusterProfiler富集分析不能用了这事儿
对于读者的日常学习知识和习惯来说，gongzhonghao是更为高效的平台。
scanning below, come on! https://gitee.com/jaychouwong/gongzhonghao/blob/master/关注公众号请扫码.png 大概是因为KEGG数据库更新了，因此clusterProfiler也要使用最新版本的&…
NotFoundError: Failed to execute ‘insertBefore‘ on ‘Node‘: The node before which the new node is to
若依前端框架 开发报错截图 异常表现
管理员功能正常，某个用户异常（权限配置少些）初次加载不异常，二次查询条件下，特定数据下异常。
大致确定大概与v-hasPermi，以及v-if 有关系。
找到问题
<el-butt…
linux下kegg注释软件,工具篇丨GO和KEGG富集不到通路？快试试这个超赞的功能分析工具吧...
原标题：工具篇丨GO和KEGG富集不到通路？快试试这个超赞的功能分析工具吧 i生信 专注生物分析最前沿 定期解读生信文章 提供生信分析思路和套路 方便大家短平快发SCI GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后，都会去做的套路性分析。然鹅……我相信，总有那么一些“倒…
非模式生物富集分析实践-创建OrgDb包/在线快捷富集分析-KOBAS
非模式生物富集分析 文章目录 非模式生物富集分析非模式菌株搜索方法创建OrgDb包GO富集分析KEGG富集分析在线富集分析平台-[KOBAS](http://bioinfo.org/kobas)简介方法说明快速富集分析非模式菌株搜索方法
#BiocManager::install("AnnotationHub")
library("An…
使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4…
0055-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因KEGG注释分析-kobas在线分析
1. 有参物种使用gene ID的方法
1. 差异基因文件准备
只需要用到两列
ENTREZ_GENE_IDlogFC
geneNames ENTREZ_GENE_ID normalAve tumorAve logFC pValue qValue
CCL23 6368 95.05964624 5.566645819 -4.066608903 2.07E-31 5.99E-29
COLEC10 10584 …
NAR｜北大/中科院计算所团队发布基因功能富集分析平台KOBAS-i
近日，国际知名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research，IF:16.971)在线发表了北京大学孔雷课题组与中国科学院计算技术研究所赵屹研究员课题组合作开发的基因功能富集平台KOBAS-i (网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/ 或http://bioinfo.org/kobas)&#…
linux下kegg注释软件,网页工具KOBAS进行KEGG富集分析
KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具，用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍： KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Annotate module) and functional …
KOBAS数据库使用指南
KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System），，是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库，主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加，KOBAS至今为止共经历了3次升级，除…
Prometheus+Grafana 监控Tongweb7（by lqw）
文章目录 1.准备工作2.Tongweb7部署3.Prometheus部署4.上传jar包并配置Tongweb75.Prometheus配置6.安装和配置Grafana 1.准备工作
本次参考：Prometheus监控Tongweb容器
1.使用虚拟机ip：192.168.10.51（tongweb），192.1…
springboot项目东方通TongWeb改造适配
springboot项目东方通TongWeb改造适配
一、背景
在全球化背景下，为确保国家安全、推动产业升级、满足市场需求和技术进步，国产化成为国家发展战略的重要组成部分，旨在打造一个更加安全、自主、可控的信息技术生态环境。本文章的背景就是客户…
Kylin Server V10下TongWeb中间件安装
一、安装TongWeb
rootKylin:/usr/local/src# ./Install_TW7.0.4.5_M2_Enterprise_Linux.bin -i console
（1）选择语言 （2）接受许可协议 （3）选择Java虚拟机 （4）选择安装的路径 &…
TongWeb7微服务适配方案
先介绍一下我们微服务项目的部署情况：
之前使用的是内置的Tomcat容器部署方式，运行项目使用的
java -jar 项目文件
方式，然后使用k8sdocker容器化部署。
还没了解TongWeb部署的同学们，可以看看我前面写的几个关于TongWeb本地部…