shell conda命令安装&#xff1a; conda install -c bioconda vcftoolsvcftools文档&#xff1a; OUTPUT FILE OPTIONS--out <output_prefix>This option defines the output filename prefix for all files generated by vcftools. For example, if <prefix> is…

这里&#xff0c;记录一下vcftools的安装教程。 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地&#xff0c;上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zipcd vcftools-vcftools-581c231/3. 安装 bash autogen.sh ./configur…

下载安装VCFtools 下载地址&#xff1a;VCFtools 下载vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz压缩包后 tar zxvf ./vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz cd /mnt/workspace/wzf/Tools/vcftools-vcftools-d511f46 bash autogen.sh ./configure make make install

VCF文件格式 VCF 是一种常用的生物信息学文件格式&#xff0c;用于存储基因组中的遗传变异数据&#xff0c;特别是**单核苷酸多态性&#xff08;SNP&#xff09;和小插入/缺失&#xff08;Indel&#xff09;**等变异。 vcftools软件安装 conda install vcftools -y1. vcftoo…

VCFtools安装和简单试用 日期&#xff1a;2022-1-21 1. 下载安装VCFtools 在官网&#xff08;https://vcftools.github.io/index.html&#xff09;下载VCFtools安装包&#xff0c;下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html&#xff0c;该网页内界面如下所示…

第九章 本体论、分子通路鉴定 9.4 分子通路鉴定 You have got a set of genes or proteins from your experiments.How can you find out which pathways the proteins belong to?How can you find out which were the most significant pathways?为了后续的计算方便&…

https://www.163.com/dy/article/G8OKP6M50532ROLT.html #基因_信号通路 https://www.genecards.org/ #由目标通路中查找通路中的基因&#xff1f; https://pathcards.genecards.org/ #蛋白相互作用分析 蛋白相互所有分析(PPI)STRING的使用以及网络分析 #共表达分析 GEO中查…

需要做一个非模式生物的Go富集&#xff0c;在目前能搜索到的教程里面&#xff0c;大多是通过AnnotationHub检索并抓取OrgDb。但是本次发现这个方法获得的数据库有点问题&#xff0c; 具体过程是下载的org.db和扒下来的某物种全基因组交集太小&#xff0c;导致最后go富集的时候…

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成&#xff0c;人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)&#xff0c;向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析&#xff0c;…

1. KEGG 现在自己用到的KEGG数据库主要是功能注释&#xff0c;下面谈一下我再用KEGG 时候的经验吧。 首先在kaas上传数据做基因的注释。 我们用的是prokka注释过后的faa文件&#xff1a;是蛋白序列。 当然基因序列也可以。 kaas 比对网站 https://www.genome.jp/tools/kaas/ 得…

对于读者的日常学习知识和习惯来说&#xff0c;gongzhonghao是更为高效的平台。 scanning below, come on! https://gitee.com/jaychouwong/gongzhonghao/blob/master/关注公众号请扫码.png 大概是因为KEGG数据库更新了&#xff0c;因此clusterProfiler也要使用最新版本的&…

若依前端框架 开发报错截图 异常表现 管理员功能正常&#xff0c;某个用户异常&#xff08;权限配置少些&#xff09;初次加载不异常&#xff0c;二次查询条件下&#xff0c;特定数据下异常。 大致确定大概与v-hasPermi&#xff0c;以及v-if 有关系。 找到问题 <el-butt…

原标题：工具篇丨GO和KEGG富集不到通路？快试试这个超赞的功能分析工具吧 i生信 专注生物分析最前沿 定期解读生信文章 提供生信分析思路和套路 方便大家短平快发SCI GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后，都会去做的套路性分析。然鹅……我相信，总有那么一些“倒…

非模式生物富集分析 文章目录 非模式生物富集分析非模式菌株搜索方法创建OrgDb包GO富集分析KEGG富集分析在线富集分析平台-[KOBAS](http://bioinfo.org/kobas)简介方法说明快速富集分析非模式菌株搜索方法 #BiocManager::install("AnnotationHub") library("An…

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具&#xff0c;使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4…

1. 有参物种使用gene ID的方法 1. 差异基因文件准备 只需要用到两列 ENTREZ_GENE_IDlogFC geneNames ENTREZ_GENE_ID normalAve tumorAve logFC pValue qValue CCL23 6368 95.05964624 5.566645819 -4.066608903 2.07E-31 5.99E-29 COLEC10 10584 …

近日&#xff0c;国际知名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research&#xff0c;IF:16.971)在线发表了北京大学孔雷课题组与中国科学院计算技术研究所赵屹研究员课题组合作开发的基因功能富集平台KOBAS-i (网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/ 或http://bioinfo.org/kobas)&#…

KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具&#xff0c;用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍&#xff1a; KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Annotate module) and functional …

KOBAS&#xff08;KEGG Orthology Based Annotation System&#xff09;&#xff0c;&#xff0c;是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库&#xff0c;主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加&#xff0c;KOBAS至今为止共经历了3次升级&#xff0c;除…

东方通Tongweb下载资源 有需要请私信我&#xff0c;谢谢。