使用proxy代理项目

使用R，ggplot2绘制NMDS图

使用R，ggplot2绘制NMDS图输入文件准备 mapping.txt ：样品名与分组信息 otu.txt : otu表文件下载 : https://github.com/tangshanshaolu/R_test.git 代码部分 library(vegan) library(ggplot2) pdf("nmds.pdf") otu<-read.table(&qu…

R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程

，这个zhe 点击名片关注我们一、定义 oridination（gradient analysis）：研究群落之间、群落与成员之间、群落与其环境之间的复杂关系。排序的过程是将样方或物种排列在一定的空间，使得排序轴能够反映一定的生态梯度。…

如何区分PCA PCoA NMDS LDA t-SNE?

PCA PCoA NMDS LDA t-SNE 理论理解与绘图简介：本文介绍PCA PCoA NMDS LDA t-SNE几种降维方法之间的差别，以及应用一、基本概念 1. PCA PCA（Principal Components Analysis）即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，首先利用线性变换，将数据变换到一个新的…

什么是降维分析？PCA,NMDS,RDA？

PCA分析大家都说是数据的降维，这样说太笼统了，导致懂的人都懂，不懂的人一头雾水。 PCA其实就是能实现多个指标的合并，将若干指标通常合并为PC1,PC2两个指标，也就是我不管你是5个还是8个还是100个指标我做完PCA分析后都…

1、NMDS非度量多维尺度分析作图（R）

导入VOTU.txt , 每列为不同的样本，每行为不同的vOTU 导入分组文件，此处有两种分组方式。后续分别按颜色和形状分类 library(ggplot2) library(vegan) # 读取NMDS数据文件 df read.delim("C:/Users/Shizhe Zhang/Desktop/VOTU.txt",header T,…

利用NMDS对药物处理下肠道菌群微生物群落多态性分析

title: “利用NMDS对药物处理下肠道菌群微生物群落多态性分析” author: “Yang” date: “2021/5/12” output: html_document 背景知识：NMDS 非度量多维尺度分析（Non-metric multidimensional scaling,NMDS）是一种将多维空间的研究对象简化…

R语言绘制NMDS图

非度量多维标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离…

221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

Beta多样性与PCoA和NMDS排序本节作者：文涛，刘永鑫版本1.0.4，更新日期：2020年6月27日本项目永久地址：https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ，本节目录 221BetaPCoA，包含R markdo…

非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析

多维排列 (Multidimensional scaling,MDS)是可视化多变量样品(如多个物种丰度、多个基因表达)相似性水平的一种方法。其基于距离矩阵进行一系列的排序分析。经典的MDS (CMDS)分析就是前面提到的PCoA分析，也称为度量性MDS分析。而与之相对的是非度量多维排列 (Non-m…

可视化绘图技巧100篇分析篇（一）-数据降维NMDS分析（补充篇）

目录前言算法原理什么是NMDS分析？ NMDS与其他降维方式有什么区别？距离算法为何会影响排序结果？ PCA添加环境因子与RDA有何区别？ NMDS分析的推荐步骤实现过程 NMDS排序图内加聚类分析结果参数设置绘图工具 R语言实战NMDS分析 NMDS分析展示群落beta多样…

R统计绘图-NMDS、环境因子拟合(线性和非线性)、多元统计(adonis2和ANOSIM)及绘图(双因素自定义图例)

这个推文也在电脑里待了快一年了，拖延症患者，今天终于把它发出来了。NMDS分析过程已经R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程中写过了。最近又重新看了《Numerical Ecology with R》一书,巩固一下知识，正好重新整理了一下发出…

跟着iMeta学做图｜NMDS分析展示群落beta多样性

原始教程链接：https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221108NMDS 写在前面非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling, NMDS)，是基于相异矩阵或距离矩阵进行排序分析的间接梯度分析方法，在微生物组研究中可以用…

NFT Insider #73：淡马锡将领投Animoca Brands新一轮1亿美元融资

引言：NFT Insider由WHALE社区、BeepCrypto联合出品，浓缩每周NFT新闻，为大家带来关于NFT最全面、最新鲜、最有价值的讯息。每期周报将从NFT市场数据，艺术新闻类，游戏新闻类，虚拟世界类，其他动态类…

Forward 与 Redirect 的区别

目录一、定义不同二、请求方式不同三、数据共享不同四、最终URL地址不同总结一、定义不同请求转发（Forward）：发生在服务端程序内部，当服务器端收到一个客户端的请求之后，会先将请求，转发给目标…

Win10系统FF新推荐怎么卸载？FF新推荐新闻弹窗彻底关闭删除教程

几乎所有的电脑中都会安装Flash Player，不过随着技术的不断变革，Flash Player将于2020年12月被默认禁用，即将禁用的这段时期，利用Flash Player的占用量疯狂吸金，而FF新推荐弹窗就是Flash Player的，那么Win1…

FF新闻、头条新闻等开机弹出的广告删除办法

虽然加了广告过滤器，但是还是很烦每次写着东西突然窗口弹出来，然后被弹窗管理kill掉这些都是软件带的，ff是Adobe Flash，头条新闻是搜狗输入法带的虽然只有一秒，还是很不顺眼先解决FF新闻这沙雕广告在弹出ff新…

利用MDK的FLM文件生成通用flash驱动

文章目录前言一、FLM文件是什么？二、FLM文件结构1.FlashPrg.c2.FlashPrg.c 三、解析FLM文件1.解析flm文件四、设计flash驱动抽象层五、快速使用前言在进行Flash操作时，一般我们需要设计一套Flash抽象层，至少要包括flash的init&#xff0…

FLASH模拟EEPROM的方法

工业中经常使用EEPROM（电可擦除可编程存储器）来存储更新数据，为降低成本，可以使用FLASH代替。 EEPROM 仿真可以通过多种方式实现，但要注意 Flash 限制和产品要求。下面详述的方法要求为非易失性数据分配至少两个相同大…

通透理解FlashAttention(含其2代和第3代)：全面降低显存读写、加快计算速度

前言成就本文有两个因素(首发于23年10月，修订于24年5月) 第一个因素是，我带长沙的LLM项目团队做论文审稿GPT这个项目时，遇到了不少工程方面的问题(LLM方面的项目做多了，你会逐步发现，现在模型没啥秘密技术架构/方向…

nandflash驱动详解

对nandflash存储原理不了解的请先阅读《 flash memory技术》架构图 ----------- 系统总线 ------------------- CLE，io [8：0] ----- -------------- | cpu |←------------→| nand控制器| ←--------------→| nand flash | ----------- -----…

相关文章