为什么80%的码农都做不了架构师？>>> ApacheCN | apache中文网 关于我们 一群爱装逼，爱斗图，爱吃辣条，有梦想的年轻人 、、、 我们不是资深的开源达人， 我们也不是 BAT 背景的技术大牛&#x…

今天遇到一个小问题，整理的fasta参考序列并不规范，如下图所示： 碱基是小写的，并且还空行了，碱基序列不连续，那怎么变成正常的呢？（见下图） 在服务器里我们创建一个py脚本…

python 3.9实现以下算法。 1. 简单的写文件和读文件 # 写 file1 open(count.txt,w) file1.write(this is a test) file1.close()# 读 file2 open(my_file) print(file2.read())2. 将列表内容写入文本文件 # 生成100-500数字列表 data [i * 100 for i in range(1, 6)] pri…

FASTA序列格式说明 高通量测序数据常采用 FASTQ 格式来保 存所测的碱基读段和质量分数。 如图 所示,FASTQ 格式以测序读段为单位存 储,每条读段占 4 行, 其中第一行和的第三行由文件识别标志和读段名(ID)组成(第一行以“”开头而第三行以“”开头; 第三行中 ID 可以省略,但“…

FASTA和BLAST是目前功能最全，使用最广的同源性数据库搜索软件包。它们在Needleman 的动态算法的基础上做了很多技术上的改进, 如采用启发性算法, 使得在精确度牺牲较小的情况下, 速度快了很多。 FASTA 是 D.J. Lipman and W.R. Person 在1985年提出一个全局联配算法…

在nr库这里挣扎许久了。数据库太大，下载和建库都很困难。下载了nr blast库，拆分更容易下载，但是没搞定blast版本的更新，下载的是5的库，软件还是4？尝试从库里抽提fasta自己建库(用新版的blast，默…

最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一：linux下用awk计算fasta序列的长度 前面发表一篇文章《用awk和sed快速将fast…

前面我们介绍了fastq格式文件的处理，大概有20多个案例，掌握了这些案例，后面拿到fastq格式之后就可以根据需求，使用合适的软件工具进行处理了，从这次内容开始，我们将逐渐介绍fasta格式文件的处理。相比于fastq格式，fasta格式处理更加容易。 1 文件格式介绍 FASTA文件主要…

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爱基百客云平台小工具使用 1.1 爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列 1.2 参数设置 1.3 结果 01 爱基百客云平台小工具使用 首先，打开爱基百客官网：http://www.igenebook.com；点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。 弹出云…

目录 各类生信文件官方解读手册经典文件格式解读1. fasta统计序列信息 2. fastq统计序列信息 3. sam与bamsam或bam文件查看sam，bam，fasta，fastq文件转换解决samtools将sam文件转换为bam文件时多条重复错误的方法：Duplicate entry …

【生信】常见测序数据格式 文章的文字与图片全部/部分来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。 目录 【生信】常见测序数据格式 1、FASTA 2、FASTQ 3、GFF 4、BED 5、SAM/BAM 6、VCF 在生物信息学中，由于不同数据…

FASTA 1.FASTA存储什么？ fasta存储核酸序列（DNA/RNA），也存储蛋白质的核苷酸序列（Animo Acid sequence，简称AA序列） 2.FASTA包含什么内容？ 第一行：以“>”开头主要…

第一篇 基础知识 第一章 基本概念 第一节 生物信息学文件格式 生物信息学——常见的四种文件格式(fasta, fastq ,sam vcf) 从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq -> bam&#xff0c…

目录 1 概述 2 安装环境 2.1 操作系统环境 2.2 工具版本 3 安装与测试 3.1 安装FASTA 3.2 使用测试 1 概述 浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定…

1）安装步骤 （1）首先确保 JDK1.8 安装成功 （2）下载对应的 Scala 安装文件 scala-2.12.11.zip （3）解压 scala-2.12.11.zip，我这里解压到 D:\Tools （4）配…

目录 Scala 01 —— Scala基础一、搭建Scala开发环境安装Scala编译器在IDEA中进行scala编码 二、Scala简介与概述Scala简介Scala概述Scala代码规范 三、理解Scala变量与数据类型Scala的变量与常量Scala和Java变量的区别 Scala的数据类型 四、Scala的程序逻辑1.表达式2.运算符中…

一、下载Intellij IDEA插件Scala 二、安装Scala SDK https://www.scala-lang.org/download/ 建议下载*.zip文件，免安装，然后把scala目录下的bin目录添加到系统路径，这样cmd输入scala就可以启动 scala -version --> 查看版本 scala --&g…

文章目录 一、scala简介（一）scala概述（二）Scala特性1、一切都是对象2、一切都是函数3、一切都是表达式二、安装Scala1、到Scala官网下载Scala三、配置Scala环境变量1、查看Scala版本， 测试Scala是否安装成功2、启动Scala，执行语句四、Linux上安装Scala（一）到Scala官网下…

📣1. 前言 Scala是一种基于JVM的编程语言，它融合了面向对象编程和函数式编程的优点，同时也具有强大的类型推断能力和高阶函数等先进特性，因此在企业级应用开发中得到了广泛的应用。 Spring Boot是一个快速开发框架，它的宗旨是使Spring应用程序的开发变得更加简单…