相关文章
Python基础（二） | Python的基本数据类型
第二章 基本数据类型 ⭐本专栏旨在对Python的基础语法进行详解，精炼地总结语法中的重点，详解难点，面向零基础及入门的学习者，通过专栏的学习可以熟练掌握python编程，同时为后续的数据分析，机器学习及深度学…
ubiome类似数据dada2处理探索3
1.导入qiime2前的准备
我简单处理了下otu序列和表，使它们能导入qiime2，应该是一行shell代码解决的，shell水平不行，python来顶了。
import os fout open(otus.txt, w)
fout_otab open(otab.txt, w)
with open(dada2_counts.txt…
MetaCoMET----核心微生物组分析在线工具
写在前面 前两篇推文都是在介绍Venn图的绘制方法，其实在微生物群落研究中，Venn图的本质是识别样品中共有和特有的微生物，其中更重要的可能是共有的微生物，也可以说是研究样本中的核心微生物组。 通过对各样本间共有微生物组成及分…
202310-宏基组学物种分析工具-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream
MetaPhlAn 4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。以下是安装和使用MetaPhlAn 4的步骤：
安装MetaPhlAn 4：
先看原站点和仓库，暂时访问不了的可以隔一段时间再试：…
BIO格式NER数据集转换为json
摘要： 参考该博主文章转化BIO命名实体识别(NER)数据格式，增加了实体类型统计的功能，在MSRA数据集上测试，与数据集描述中的各实体类型数量匹配。
功能： 将BIO格式的NER数据集保存为json文件，并输出各类型实…
16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun
之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： - PICRUSt预测宏基因组： 优点是高引流行&…
新技能Get!宏基因组分析结果导入qiime2分析和可视化
最近读微生态公众号中宏基因组的文章，发现阿童木写的教程，宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉，qiime2是一个优秀的可视化工具，有它在手，分析不愁呀，可是作者并没有给出怎样导入数…
易基因｜综述：单细胞DNA甲基化分析方法全介绍及未来发展前景预测
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
2021年07月10日，《Biomolecules》杂志上发表一篇关于单细胞表观测序的综述文章，详细介绍了单细胞DNA甲基化的实验策略、分析方法、数据分析以及相关科研应用并讨论…
微生物组统计和可视化——phyloseq入门
翻译：文涛 写在前面: 最近一段时间面临着各种各样的问题和挑战，总在寻求一种可以权衡，理解的解释的解决之道。 phyloseq：使用R语言分析微生物群落(microbiome census data) 目前对微生物群落的分析有许多挑战：使用生态…
随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？
文章目录 conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量 DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于sklearn方法基于blast和vsearch方法 qiime2其他常用操作导出制表符分割的特征表折叠物种分类单元按样…
)
QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.11)
文章目录 QIIME 2用户文档. 10数据导出导出特征表导出进化树导出与提取译者简介Reference猜你喜欢写在后面 QIIME 2用户文档. 10数据导出
https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/exporting/
Exporting data 注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本…
)
QIIME 2教程. 10数据导出ExportingData(2021.2)
QIIME 2用户文档. 10数据导出 https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/exporting/ Exporting data 注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装。 为了使用QIIME 2，输入数据必须存储在QIIME 2对象&…
16s功能注释Bugbase的安装使用--本地版
文章目录 概述介绍下载安装程序下载并配置环境安装依赖R包并显示帮助运行示例数据Bug及解决方法-☆ 使用输入文件准备-☆下载Greengenes数据库在QIIME2中操作R语言操作 运行Bugbase 结果解读 概述
Bugbase依赖于Greegenes1与R
但是R现已更新到4.4以上，安装R包时会…
数据分析：扩增子分析（qiime2平台全流程分析）
Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform
qiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原始data到统计分析的插件，尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平台。
Platform
qiime2是扩增子…
kraken2注释+braken格式转换
由于最近遇到一个宏基因项目，第一次分析注释到的物种数目较少，因此更换数据库试试看看！
于是kraken上榜，OK，lets try 一下子！
前提是已经安装了kraken和braken，运行命令比较简单
1.注释
##…
生物信息学练习2- Biom-format
The Biological Observation Matrix (BIOM) format http://biom-format.org/ biom-format有两种方式安装： 1. python pkg: pip install numpy 由于最新版的biom-format还不支持python3，所以需要切换到python2 sudo update-alternatives --config python …
r语言怎么把txt数据变成一个Rdata格式_BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式...
简介 http://biom-format.org/ BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持： QIIMEMG-RASTPICRUStMothurphyloseqMEGANVAMPSm…
json txt格式转换器_BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
简介 http://biom-format.org/ BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持&#x…
R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决
文章目录 R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决对于无法正常安装的方法，或者出现无法读取biom文件格式问题(可能不是文件格式原因而是包不能识别)可以尝试下面这种方法。 R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决
BIOM格式在R语言中通过biom包打开…
BIOM格式文件_微生物组数据通用数据格式
生物观测矩阵（Biological Observation Matrix，BIOM）是微生物组数据通用数据格式（The Biological Observation Matrix (BIOM) format — biom-format.org），BIOM格式的表称为biom表，一般使用.biom…