相关文章
教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树
这是一个靠颜值也能吃饭的时代，比如现实生活中的网红脸，炫酷霸气的法拉利赛车都会更轻易地博取观众的眼球。 时至今日，科研文章也紧随时代潮流，文章中各种高大上的配图层出不穷。究其原因主要包括两点： 一是在科研数据…
使用mafft+IQtree+iTOL绘制进化树（仅做笔记用，不定期更新）
配置iqtree环境
conda create -n iqtree
激活iqtree环境
conda activate iqtree
下载iqtree软件
conda install iqtree
下载比对软件mafft
conda install mafft
如果不做对比，IQtree貌似会报错：
ERROR: Sequence XXXXX contains not enough/too…
用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！
文章目录 iTOL简介iTOL的基本使用流程：怎么样才算是一颗高颜值的进化树呢？ 制作注释文件Windows软件安装Linux软件安装准备输入文件生成注释文件注释文件美化方案1. 属名称多分类层级方案2. 丰度柱状图方案3. 热图方案4 猜你喜欢写在后面 本文“宏基因组…
利用 OrthoFinder、IQtree、Notung、iTOL 绘制基因树
本文为以 4 个兰科物种中 NB-ARC 结构域的序列信息作为输入，构建 有根基因树。步骤参考文献 Genome- Wide Analysis of the Nucleotide Binding Site Leucine-Rich Repeat Genes of Four Orchids Revealed Extremely Low Numbers of Disease Resistance Genes&#…
itol.toolkit：加速iTOL交互式树形图的R包
itol.toolkit：加速iTOL交互式树形图的R包 itol.toolkit Helper Functions for Interactive Tree Of Life (iTOL) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/it/itol.toolkit
项目介绍
itol.toolkit 是一个专为 Interactive Tree Of Life (iTOL) 设计的 R 包…
iTOL：快速绘制超高颜值的进化树！
iTOL简介 大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个…
iTOL快速绘制颜值最高的进化树！
iTOL简介
大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半…
使用R包itol.toolkit制作精美进化树
1.准备文件
1.1：iTOL网站：https://itol.embl.de/ 1.2：一个nwk格式文件，SPL3.nwk，可以使用mega生成，格式如下：
((((name04,name05),name06),name01),name02,(name03,name07));1.3：一…
itol绘制高颜值的进化树
iTOL简介
大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半…
graphlan/iTOL画进化树记录
最近遇到一个问题，需要将进化树展示出来，并对特定物种进行标记。
我的数据是来自于人类的gut microbiome数据，分析流程是metaphlan3的分析流程，基于此输出，以及几天的调研，我下面总结了自己如何一步步画出…
进化树绘制之使用itol.kit实现进化树注释
文章目录 前言一、itol绘制进化树注释二、使用itol.toolkit1.引入库2.读入数据3. 生成注释文件4.拖入itol网站5.ai美化 总结 前言
icamp分析后需要对进化树进行注释，把icamp的结果在进化树中表现出来。
本文复现Ning D, Wang Y, Fan Y, et al. Environmental stre…
如何用iTOL绘制简单的物种进化树
文章目录 一、前言二、步骤1.建立物种txt文件2.NCBI网站转为.phy文件3.iTOL网站画图导出 三、总结 一、前言
当拥有一组物种名或Taxonomy ID后，如何用iTOL网站绘制简单的物种进化树？ 参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/443229461?utm_…
itol.toolkit 项目教程
itol.toolkit 项目教程 itol.toolkit Helper Functions for Interactive Tree Of Life (iTOL) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/it/itol.toolkit
1. 项目的目录结构及介绍
itol.toolkit 项目的目录结构如下：
itol.toolkit/
├── data/
├── …
matplotilb字体配置及符号显示问题，UserWarning: missing from current font.
1，中文字体输入问题 #设置字体为楷体
import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams[font.sans-serif] [KaiTi]
2，其他中文字体 SimHei 中文黑体 ‘Kaiti’ 中文楷体 ‘LiSu’ 中文隶书 ‘FangSong’ 中文仿宋 ‘YouYuan’ 中文幼圆 ‘STSong’ …
linux ibus只能打英文,iBus 中州韻无法打字
我問過中州韻之作者佛振，他推薦我用iBus版。 剛按你的說明重裝並配置了Fcitx版，所有方案的提示和頂屏都設成true了。部署時會出錯，按鍵不顯示候選字列，也打不出漢字；按F4卻能出方案列表。 我把系統字號調到這麼小&…
Hadoop安装教程
1:先解决桌面向虚拟机黏贴问题。(在windos环境中下载好hadoop安装包)
sudo apt-get autoremove open-vm-tools
sudo apt-get update
sudo apt-get install open-vm-tools-desktop
reboot
2:下载openssh-server
sudo apt-get install openssh-server 3:登陆ssh
ssh local…
053_Unicode字符官方标准四
121. Yi Syllables(彝文音节), 范围: A000–A48F 122. Yi Radicals(彝文字根), 范围: A490–A4CF 123. Lisu(傈僳语), 范围: A4D0–A4FF 124. Vai(瓦伊语), 范围: A500–A63F 125. Cyrillic Extended-B(西里尔字母扩展-B), 范围: A640–A69F 126. Bamum(巴姆穆语), 范围: A6A0–…
探索韩语处理新境界：es-hangul 开源项目深度剖析
探索韩语处理新境界：es-hangul 开源项目深度剖析 es-hangul A modern JavaScript library for handling Hangul characters. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/es/es-hangul 在数字化时代，语言处理技术成为了连接不同文化和人群的桥梁。对…