首页
建站知识
建站知识
/
2025/12/27 9:33:58
http://www.tqpw.cn/Hq7n0a9i.shtml
相关文章
从SRA数据下载开始学习ATACseq数据分析
1.打开NCBI GEO数据库找到你需要下载的数据页,打开SRA Run Selector,找到需要下载的原始数据的SRR编号。 2.创建一个txt文件并输入需要下载的SRR编号(好像SRA页面可以直接生成?待研究) vim sra.txt 3.prefetch命令进…
阅读更多...
在NCBI SRA 下载序列文件
在NCBI SRA 下载序列文件 SRA数据库中查找数据在检索框中查找需要的领域相关信息,查找PR号根据已知的PR登入号信息检索使用的数据:下载SRR_Acc_List.txt,里面包含样本的编号文本,下载数据需要根据这个信息读取。 SRA ToolKit (sra-tools) 的安…
阅读更多...
SRATOOLKIT for windows
批量下载SRA并且转换为FASTQ格式 安装配置SRATOOLKIT 本文只介绍windows版本的下载安装方法 下载 你可以访问sratoolkit的官方下载地址选择你需要的安装包,贴出github的地址:01. Downloading SRA Toolkit ncbi/sra-tools Wiki (github.com) 因为gith…
阅读更多...
SRA-Toolkit安装
SRA-Toolkit下载 SRA(Sequence Read Archive)数据库是用于存储二代测序的原始数据的数据库。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies 研…
阅读更多...
Linux服务器安装SRAToolkit教程
SRAToolkit是由NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供的一个工具集,用于下载、读取和转换SRA(Sequence Read Archive)格式的数据文件。这些数据文件包含了大规模的核酸序列数据,对于基因组学研究至关重要。本教程将指导你在Linux服务器上安装SRAToolkit。 关于windows如何…
阅读更多...
Windows系统安装SRA Toolkit
在NCBI 官网进入download 选择download tools 找到SRA Toolkit 并点击download 选择Windows系统 下载完成后解压缩 打开此电脑,属性,环境变量 系统变量,双击path 点击新建,将刚刚的bin地址复制,点击确定 返回桌面&am…
阅读更多...
利用ascp下载SRA Explorer中转录组数据
最近在windows系统里下载了MobaXterm可以远程登入服务器,处理RNA的数据,需要从NCBI数据库上下载数据。本文提供用虚拟机ubuntu或者linux系统下载Aspera的方法和问题解决,以及从NCBI上批量下载数据库、最后得到一个项目里的所有fastq文件。 Aspera下载数据巨快,100多条fast…
阅读更多...
SRA Tools 项目教程
SRA Tools 项目教程 sra-tools SRA Tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-tools 1. 项目目录结构及介绍 SRA Tools 项目的目录结构如下: sra-tools/ ├── build/ ├── libs/ ├── ngs/ ├── scripts/ ├── setup/ ├── shar…
阅读更多...
SRA数据库及linux本地下载
目录 一、SRA数据库 二、SRA数据库下载 1.SRA Toolkit下载数据 1.1. 下载压缩包 1.2. 解压及配置环境 1.3.下载.sra文件以及转换.fastq文件 2、wget, curl 下载数据 3、aspera下载数据 4、grabseqs下载数据 sra转化为fastq 一、SRA数据库 SRA(Sequence Re…
阅读更多...
SRA Toolkit简单使用(prefetch和fastq-dump)
工具下载网址: 01. 下载 SRA Toolkit ncbi/sra-tools 维基https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 我下载的是linux 3.0.10版,目前最新版如下:https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz pr…
阅读更多...
SRA数据库
简介 序列读取存档(sequence Read Archive,SRA)数据是可通过多个云提供商和NCBI服务器获得的,它是最大的可公开获得的高通量测序数据存储库。SRA接受来自生活各个部门以及宏基因组学和环境调查的数据。SRA存储原始测序数据和比对…
阅读更多...
SRATOOLKIT安装使用教程for_win
SRATOOLKIT安装使用教程for_win 软件下载 官网下载:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 内部下载:http://192.168.1.124/sratoolkit/sratoolkit.current-win64.zip 下载完成后解压到d盘D:\sratoolkit 设置环境变量&…
阅读更多...
SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献…
阅读更多...
【数据库】SRA数据库介绍及数据下载
【数据库】SRA数据库介绍及数据下载 1. SRA数据库介绍(1) SRP开头的ID:PRJNA SRP(2) PRJNA开头的ID:SAMN SRS(3) SRX开头的ID(4) SRR开头的ID 2. SRA数据的下载(1) 使用Aspera Connect 软件下载(2) 使用sratoolkit中的prefetch命令下载(3) 使用SRA Exp…
阅读更多...
下载sra原始数据(包含储存在sra-sos的数据)
对于一个做生信分析的学生,从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上,我尝试了无数次,aspera也装了,但都不能下载。之后在实验室师兄带…
阅读更多...
SRA数据下载
常用下载方法 SRA Toolkit:prefetchAsperawget prefetch 安装 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gztar -zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩echo export PATH$PATH:$HOME/sratoolkit.2.…
阅读更多...
Tello无人机版之使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习
预备基础:使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习 https://blog.csdn.net/ZhangRelay/article/details/78857311 tello scratch官方版教程,参考dji论坛: Tello特洛无人机Scratch编程入门::bbs.dji.com/thread-167007-1-1.html 但是没有…
阅读更多...
青少年编程 中国电子学会scratch等级考试二级历年真题解析【持续更新 已更新至2024年12月】
中国电子学会scratch等级考试二级历年真题解析 一、考级知识点分析 Scratch二级知识点思维导图 二、Scratch二级历年真题讲解(22套) 选择题真题解析【试读】: 电子学会图形化scratch编程等级考试二级真题答案解析(选择题&#…
阅读更多...
scratch编程结构:基本结构和循环结构
文章目录 程序基本结构1.顺序结构2. 循环结构3. 分支结构 循环结构1. 无限循环2. 遍历循环3.条件循环4. 嵌套循环 程序基本结构 1.顺序结构 顺序结构的程序设计是最简单的,只要按照解决问题的顺序写出相应的指令就行,它的执行顺序是自上而下,…
阅读更多...
青少年编程 中国电子学会scratch等级考试三级历年真题解析【持续更新 已更新至2024年12月】
中国电子学会scratch等级考试三级历年真题解析 scratch等级考试三级考纲说明 一、考点分析 Scratch三级知识点思维导图 二、培养目标 掌握高级编程功能操作 掌握变量、随机数、广播消息、克隆体等高级功能的应用,能灵活使用画笔模块的参数设置(如调整…
阅读更多...
推荐文章
服务器做网站空间,服务器做网站空间
php error unexpected,PHP错误syntax error unexpected T-FUNCTION的解决方案-深圳做网站-创络...
Mybatis如何优化检索
H5性能优化与体验优化——极致篇
新建网站常用的50个网站推广方法
网络游戏怎么样推广引流,游戏推广怎么做引流
广州网站建设网站开发做app网站的公司哪家好
沧州做网站的大公司罗店网站建设
做精神科网站价格logo网站设计
建设网站有何要求茶网站建设
wordpress远程附件搜索引擎优化策略包括
网站预订系统建设网络推广营销网