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读《Prioritizing disease genes with animproved dual label propagation framework》
摘要
背景：
疾病基因优先排序是试图找出某一特定表型的潜在致病基因，从而揭示人类疾病的遗传基础，促进药物的开发。
本文的动机是受到标签传播算法和假阳性蛋白质-蛋白质相互作用的启发。假阳性蛋白质-蛋白质相互作用此前没有在疾病基因优先排序中被考虑过。在以往的基于…
从大规模文献库中实现生物医学关系抽取
目录 背景概述与方法概述背景概述方法概述 Overview of BERE 结果与讨论在单句注释的DDI数据集上测试在远程监督的DTI数据集上进行测试Discussion 背景概述与方法概述
背景概述
关于生物医学实体（biomedical entities，比如 drugs 与 targets࿰…
String/GeneMANIA两种常用蛋白质网络预测工具数据库简单介绍及操作流程展示
1. STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)
STRING 是一个广泛使用的数据库和资源，主要用于预测和可视化蛋白质-蛋白质相互作用网络。它结合了实验数据、计算预测以及已知的生物学知识来预测蛋白质相互作用。
数据来源: STRING 的…
干货——常用医药数据库
几十年前，医药研发人员查询相关数据，囊萤映雪，一本本书一篇篇文献地浏览。如今身处互联网时代，拿出手机一键查询，知晓天下事，医药研发数据也悉数获知。 医药领域信息广阔，从药物设计到合成再到活…
【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析
课程地址：山东大学生物信息学 文章目录 四、蛋白质结构预测与分析4.1 蛋白质的二级结构4.2 蛋白质的三级结构4.3 三级结构可视化软件 VMD4.4 计算方法预测三级结构4.5 三级结构的比对4.6 蛋白质分子表面性质4.7 获取蛋白质四级结构4.8 蛋白质-蛋白质分子对接4.9 蛋白质-小分子…
-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN)
知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN
5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN
论文标题：KG4SL: knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers 论文地址：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_1…
生物信息学常用数据库
写在前面
说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介&…
Adversarial Attacks on Neural Networks for Graph Data（2018 ACM SIGKDD）
Adversarial Attacks on Neural Networks for Graph Data----《针对图数据的神经网络的对抗攻击》
论文提出了两个问题：
1、属性图的深度学习模型容易受攻击吗？ 2、他们的结果可靠吗？
回答这两个问题需要考虑到GNN的特性：
①关…
研究发现改良蛋白可预防阿尔茨海默病
淀粉样前体蛋白(amyloid precursor protein，app)一直被认为是老年痴呆症的主要病因。它的一个片段，淀粉样肽，可以在大脑中分裂和积累，导致被称为老年斑的肿胀的白色球体，这是该疾病的一个标志。 然而，在最近…
科研绘图系列：R语言基因PPI互作网络图（PPI network plot ）
介绍
基因的PPT互作网络图。
加载R包
导入所需要的R包，在导入前需要用户自己安装。
library("tidyverse")
library("magrittr")
library("here")
library("janitor")
library("ggpubr")
library("ComplexHeatmap&…
数据库连接不上或数据库连接非常缓慢的性能排查
数据库连接不上或数据库连接非常缓慢，主要从3方面排查，监听是否启动、日志文件过大、DNS服务器不可达 1、监听是否启动，导致数据库连接不上 1.1、监听状态查看，请点击监听状态查看，如果监听状态时unknow，则…
python处理数据的一些代码
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 一、如何读取txt文件，将其转化为DataFrame格式二、给DataFrame添加列名三、删除指定行四、读取csv文件，不让第一行成为列名五、读取DataFram…
论文翻译-Learning Deep Network Representations with Adversarially
利用对抗性正则化自编码器学习深层网络表示 摘要暂时没时间整理公式，后面有时间改公式1 绪论2 准备工作2.1 自动编码器神经网络2.2 生成对抗网络2.3 网络嵌入3 途径3.1 随机生成器3.2 反向正则化自动编码器的嵌入4 评估4.1 数据集4.2 比较算法4.3 可视化4.4 链路预测4.5 网络重…
Nature Methods 级别的图注意力网络！单个细胞蛋白质情境 AI 模型
生信碱移
蛋白质情境 AI 模型
蛋白质是细胞的功能单位，其相互作用使其能够执行不同的生物功能。高通量方法的发展使得大规模蛋白质相互作用图谱的表征成为可能。利用这些蛋白质相互作用网络，已开发出计算方法来提高对蛋白质结构的理解，准确…
生物博士互作蛋白研究收藏网站汇总
公众号：生信漫谈
生物博士互作蛋白研究收藏网站汇总https://mp.weixin.qq.com/s?__bizMzkwNjQyNTUwMw&mid2247485337&idx1&sn0a6bf5a9d0dc59f2747085b12e7dcada&chksmc0e9e269f79e6b7fdf0c11d9a5a7e4941b23b126508910f0e789e231ef0949a04ff486e51…
BioGRID:蛋白质相互作用数据库
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! BioGRID数据库是一个老牌经典的蛋白质相互作用数据库，在今年9月份刚刚分布了最新版本3.5.165，该版本从66,164篇文献中整理出了1,607,037个蛋白质相互作用，28,093个嵌合体信息以及726,378个转录后修饰PTM信息，涵盖了多个物种，官网地址…
使用Payara数据源在Payara服务器下运行Spring Boot应用程序
步骤1：在Payara 5中添加Connector / J（JDBC MySQL Connector）
为了与MySQL通信，似鲭水狼牙鱼需要连接器/ J。下载并解压缩Connector / J的存档后，找到名为mysql-connector-java-5.1.47.jar的JAR文件 。应该在{PAYARA…
android textview 设置多行水平居中
textView要求多行水平居中，如下图 如何使用1个textView完成呢？
首先String设置“朝阳公园\n羽毛球友谊联合赛”，\n代表换行
其次textView设置属性android:layout_gravity"center_horizontal"，android:gravity"ce…
Android中Textview设置图片的大小
最近博主在学自定义的原生广告，为了美化，自己加了些图标。但是发现图片大小无法控制，如下（红色标记框内）。 大概修改如下。（设置图片大小） Drawable drawablegetResources().getDrawable(R.draw…
Android textview换行
在某种情况下需要将TextView里面的文本进行换行，这时候只需要在将要换行的前面加上 \n
例如：
1.更新内容；\n2.更新内容啦；\n3.更新内容，赶紧查看；\n1.更新内容在Android Studio上显示不出来效果ÿ…