在药物研发和作用机制研究中靶点筛选Target Screening的准确性直接影响后续实验结果。DARTS药物亲和响应靶标稳定性作为经典的非标记Label-free靶标鉴定技术因无需对药物进行标记修饰而得到广泛应用。然而在实际实验过程中为了更有效地发现低丰度蛋白及低亲和力靶标仍需围绕实验流程开展系统优化从而进一步提升检测灵敏度。蛋白酶条件优化是DARTS实验的重要基础。实验通常采用Pronase作为非特异性蛋白酶不同蛋白酶具有不同的切割效率因此正式实验前需要进行酶浓度摸索。常见做法是设置1:30至1:3000的酶浓度梯度对不同条件下蛋白降解情况进行比较最终选择能够充分降解未结合蛋白同时保留药物保护蛋白的最佳酶解比例提高实验分辨能力。药物浓度设计同样关系到候选靶标的检出效果。虽然DARTS实验普遍采用100μM左右的药物浓度高于多数细胞功能实验中的IC50但由于实验体系采用细胞裂解液不受药物跨膜运输影响因此较高浓度能够保证更多潜在靶蛋白与药物结合提高蛋白稳定性变化为后续质谱检测提供更加明显的差异信号。对于天然产物而言高浓度孵育还能帮助构建更加完整的多靶点作用谱。对于中药复方及复杂天然样品实验前通常需要进行纯化处理。由于样品中可能含有多糖、脂质等影响质谱分析的杂质因此一般采用柱层析或乙醇沉淀法进行预处理提高样品纯度。同时为保证实验数据稳定每组实验一般设置3个技术重复并严格控制组内CV值从而减少因酶解差异造成的数据偏差。在数据分析阶段DARTSMS通常采用整胶打质谱方式获取完整蛋白组数据不再局限于观察电泳条带变化。筛选候选靶标时一般以FCRatio1.2且P0.05作为主要判断依据。对于仅在给药组检测到、而对照组完全降解的蛋白还可结合卡方检验分析有无差异这类蛋白通常具有较高研究价值。最后通过KEGG通路富集分析可进一步评估这些蛋白是否参与疾病相关信号通路为药物机制研究提供更加深入的参考。达吉特DARTS技术服务文献部分客户文献[1]. Zhou J, Song Q, Li H, et al. Targeting circ-0034880-enriched tumor extracellular vesicles to impede SPP1highCD206 pro-tumor macrophages mediated pre-metastatic niche formation in colorectal cancer liver metastasis. Mol Cancer. 2024;23(1):168. Published 2024 Aug 20. doi:10.1186/s12943-024-02086-9.(上海中医药大学附属曙光医院) IF27.7[2]. Zhang W, Song Y, Li C, et al. Canagliflozin Alleviates Diabetic Glomerular Endothelial Injury via Melibiose in a Microbiota-Dependent Manner. Adv Sci (Weinh). Published online May 27, 2026. doi:10.1002/advs.202517222.郑州大学第一附属医院IF14.1[3]. Yang X, Lin G, Chen Y, et al. Chlorquinaldol Alleviates Lung Fibrosis in Mice by Inhibiting Fibroblast Activation through Targeting Methionine Synthase Reductase. ACS Cent Sci. 2024;10(9):1789-1802. Published 2024 Aug 28. doi:10.1021/acscentsci.4c00798.广州医科大学IF12.7[4]. Liang Y, Zhang YL, Cheng TY, et al. Senkyunolide H potentiates bone marrow-derived mesenchymal stem cells therapy for liver cirrhosis by targeting MAEA to enhance ERK-driven HGF secretion. Pharmacol Res. 2026;226:108160. doi:10.1016/j.phrs.2026.108160.上海中医药大学IF10.5[5]. Zhao R, Lu Y, Xu Q, et al. Gut blautia coccoides-derived 5Z-dodecenoic acid attenuates chronic psychological stress-induced gastric cancer progression. Int J Surg. Published online November 20, 2025. doi:10.1097/JS9.0000000000004080.(中国人民解放军总医院第一医学中心) IF10.3[6]. Zhang S, Tang L, Pu Y, et al. Patchouli alcohol triggers autophagic cell death in non-small cell lung cancer cells through targeting GNAI1 to dissociate the GNAI1/ARRB1 complex. Int J Biol Sci. 2026;22(8):4004-4024. Published 2026 Mar 30. doi:10.7150/ijbs.125690.中国上海市宝山区吴淞中心医院IF10.0