二代短读长测序读长不足 500 bp物种分辨力有限难以解析冷门真菌系统发育三代长读长测序可获取长片段 rDNA但与二代数据可比性、引物适配性缺少系统验证。现有单一测序 / 引物方案易造成真菌多样性捕获不全难以明晰广布未知真菌类群的生态驱动机制。2025年挪威奥斯陆大学相关团队的研究以挪威境内复杂梯度环境样本中的古根菌纲为研究对象通过二代通用引物与三代古根菌纲特异性引物联合测序系统比较两种技术在古根菌纲多样性检测中的表现。接下来和小编一起看一下这篇文章一.研究简介研究背景根菌纲是广泛分布于土壤的真菌现有研究对其生态特征、丰度及分布规律认知不足短读长测序读长短、物种分辨力有限长读长测序虽可获取长片段 rDNA、提升系统发育解析效果但二者可比性仍待验证。挪威境内气候、植被梯度丰富是探究该真菌环境响应的理想试验区域。研究目的解析挪威古根菌纲在气候、植被、不同土壤组分梯度下的多样性与分布模式阐明其生态地理驱动因子对比短、长读长测序对古根菌纲的检测差异验证长读长测序研究冷门真菌类群的应用价值。二.多靶标扩增子技术-DNA提取、扩增子文库制备、测序、分析采样挪威 136 个样点覆盖高山、森林、北极等植被类型。每个样点采集 3 种样本枯枝落叶、有机土壤、植物根系共408 个样并测定 pH、总C、总N、总P。eDNA检测二代SSU V4比对PR2注释共获得3394 个真菌 OTU其中古根菌纲占115 个 OTU。三代用古根菌纲特异性引物SSU170F/LSU1461R以 99% 相似度聚类NCBI 注释。共获得 120 个 OTU。图 采样范围分布图三.主要结果LRS 和SRS数据的比较测序深度LRS 稀释曲线在100 条读长后达平台期图 2aSRS 部分样本未达平台期b。图 古根菌纲长读长序列LRS、短读长序列SRSOTUs稀释曲线古根菌纲系统发育多样性获取已知古菌的OTU全长序列Mycocosm 数据库的外群Taphrinomycotina 亚门基因组序列构建系统发育树发现120 个 LRS OTU 聚类为 13 个分支I-XIII。再将SRS OTU 比对到 LRS OTU部分末端分支缺乏匹配的SRS OTUs部分SRS OTUs被定位在 LRS 树的内部节点表明两种方法之间缺乏重叠。这可能是由于二代测序引物错配或其他PCR偏差、数据整理步骤如聚类产生的偏差。图 基于古根菌纲ArchaeorhizomycetesLRS和SRS OTUs构建的最大似然系统发育树后面也分析了SRS和LRS数据中古根菌纲OTU 丰富度、群落结构驱动因素、植被类型、基质共有、特有OTUs等内容两种数据分析结果趋势一致。该研究发现相比短读长长读长测序类群特异性引物能有效解析古根菌纲系统发育与生态特征是研究未充分探索真菌类群的有力工具。凌恩生物团队在微生物研究领域深耕十多年提供优秀的售前方案和优质的售后支持助您发表高质量论文拓展更广阔的科研思路。参考文献[1] Thoen E, et al. Short- and long-read metabarcoding of Archaeorhizomycetes reveals high phylogenetic diversity structured by vegetation and climate. New Phytol. 2026 Jan;249(1):418-432. doi: 10.1111/nph.70682.原文链接https://doi.org/10.1111/nph.70682