一、写在前面随着AI技术的发展生信分析门槛降低出现了 “纯生信难发高分、仅靠数据库挖掘没有科研价值”的观点在我们的生信交流群中也有读者发出“现在哪种套路的生信分析好发”、“生信人的出路在哪里”等疑问。其实这些话题在没有AI的时代就存在没必要制造发文焦虑本文结合多篇已发表几乎纯生信高分文献实例拆解纯生信文章的创新逻辑来看看纯生信分析的发文潜力。生信基地现在还推出了生信分析服务感兴趣的小伙伴可以滴滴客服[Biomamba_zhushou]详谈如果需要单细胞数据分析教学、生信热点全文复现、自测数据个性化分析辅导、实验科研服务和常态化实验学习欢迎联系后台。二、主要内容1 题目Spatial multi-omics implicate the interaction between Tpex and B cells in tertiary lymphoid structures after neoadjuvant therapyIF29.5期刊Cancer Discovery发表日期2026.06DOI: 10.1158/2159-8290.CD-25-0806此研究利用具有全转录组覆盖和单细胞分辨率的空间转录组学结合高通量空间蛋白质组学及TCR测序系统表征了乳腺癌患者新辅助治疗后肿瘤组织中三级淋巴结构TLS的空间药效动力学特征。研究发现前体耗竭T细胞Tpex优先定居于TLS内部且这些Tpex细胞具有肿瘤特异性其克隆相关的终末分化效应T细胞则分布于TLS外部提示TLS是Tpex细胞扩增并向外输出效应T细胞的核心生态位。在细胞互作层面空间分析揭示B细胞是TLS内Tpex细胞的最近邻并通过ICOSL-ICOS和CD86-CD28两条共刺激信号轴促进Tpex细胞的再激活与功能维持。上述发现深化了对TLS空间架构的理解阐明了新辅助治疗诱导的抗肿瘤免疫应答进化机制并提示靶向TLS内Tpex-B细胞互作信号轴可能是增强肿瘤免疫治疗疗效的潜在策略。2 题目Probing the limits of genetic recoding using multi-omics-guided evolutionIF18.1期刊Nature Communications发表日期2026.06DOI:10.1038/s41467-026-74300-9此研究通过对64个自然密码子中的多个密码子进行重新分配重编码探索了合成基因组工程的可能性与挑战。研究团队利用基因组合成技术构建了六株部分重编码的大肠杆菌菌株最高携带45.8%的合成基因组片段并采用57密码子遗传密码。然而同义密码子替换频繁导致致死性表型**研究通过基因组-转录组-翻译组-蛋白质组的多组学联合分析**系统揭示了重编码导致的广泛缺陷包括Syn61和Syn57中未被识别的密码子问题并据此修订了基因组设计方案以减轻这些缺陷。在机制与应用层面多组学分析表明重编码在数百种条件下均可诱导转录和翻译层面的广泛变化进而导致菌株适应性下降。为解决这一问题研究团队开发了一种多组学引导的定向进化策略能够快速恢复菌株适应性从而实现含有根本性遗传密码改变的基因组合成。这一策略不仅为理解重编码对细胞生理的影响提供了系统性框架也为构建抗病毒、隔离遗传信息交换、以及生物合成非天然聚合物的工程菌株奠定了重要基础。3 题目Spatial and multi-omic profiling reveals pericyte-derived CCL19 as a key prognostic factor in CNS lymphomaIF11.3期刊Hemasphere发表日期2026.06DOI: 10.1002/hem3.70412此研究针对中枢神经系统淋巴瘤CNSL临床异质性背景下的生物学机制开展了深入探索。研究团队对82例CNSL样本进行了全面的遗传和转录组分析发现高CCL19表达的淋巴瘤具有独特的基因变异谱和肿瘤细胞组成且均与免疫抑制和抗凋亡特征相关。统计分析显示高CCL19表达与患者无进展生存期和总生存期的显著缩短独立相关提示其作为预后不良标志物的临床价值。在细胞来源与空间定位层面研究通过空间转录组学、单核转录组学及免疫组化分析证实血管丰富区域的周细胞pericytes是CCL19的主要来源细胞。其主要受体CCR7则高度富集于浆母细胞样恶性B细胞、树突状细胞、NK细胞及CD4⁺ T细胞中且与CCL19存在显著的空间共定位。综合来看本研究确立了周细胞来源的CCL19作为CNSL新型预后标志物的地位其高表达与不良遗传变异及肿瘤微环境向免疫静息状态转化密切相关而CCL19-CCR7轴的空间互作特征也为未来靶向治疗策略的开发提供了重要方向。4 题目EFHD2 drives lactate-mediated DNA damage repair and immunosuppression via HMGB1 and HIF-1α to confer radioresistance in colorectal cancerIF12.2期刊Cell Death Dis发表日期2026.06DOI: 10.1038/s41419-026-09031-2此研究聚焦于结直肠癌CRC放射抵抗的分子机制通过**RNA测序、蛋白质组学、乳酰化蛋白质组学、空间转录组及单细胞RNA测序等多组学手段**结合体内外功能验证实验系统揭示了hsa-let-7b-5p/EFHD2轴在放射抵抗中的核心作用。研究发现hsa-let-7b-5p在放射抵抗的CRC中显著下调导致其靶基因EFHD2过表达EFHD2通过与HMGB1相互作用稳定HIF-1α、增强乳酸代谢进而引发自身第9位赖氨酸的乳酰化修饰K9 lactylation而这一修饰是EFHD2激活RAD51/RPA2介导的同源重组DNA修复功能的必要条件从而赋予肿瘤细胞放射抵抗能力。5 题目A multimodal single-cell framework for ecosystem-level profiling of circulating tumor and non-tumor cellsIF17.5期刊Exp Hematol Oncol发表日期2026.06DOI: 10.1186/s40164-026-00796-y本研究对6例晚期结直肠癌患者的循环肿瘤细胞CTC及非肿瘤循环细胞进行了多模态单细胞多组学分析共鉴定出3,981个CTC这些细胞呈现EpCAM/L1CAM共表达显著、PD-L1表达可变、LGR5表达低的特征符合转移相关表型。对1,720个细胞的整合单细胞多组学分析揭示了EpCAM⁺、L1CAM⁺、LGR5⁺和PD-L1⁺等CTC亚群内部的基因组不稳定性包括男性患者的Y染色体缺失及显著的患者内异质性与此同时非CTC细胞群表现出炎症和代谢失调相关程序的上调。该研究表明基于血液的多模态单细胞分析能够超越传统CTC计数的局限为深入解析肿瘤-宿主相互作用状态提供更丰富的生物学信息。6 题目Time-resolved immune dynamics in rheumatoid arthritis under methotrexate therapyIF24.0期刊Ann Rheum Dis发表日期2026.06DOI: 10.1016/j.ard.2026.05.018本研究通过前瞻性纵向设计对6例初诊类风湿关节炎RA患者在甲氨蝶呤MTX治疗前后的多个时间点进行外周血单个核细胞PBMC的高参数免疫表型分析和单细胞RNA测序并在22例独立队列患者中进行验证。研究发现MTX可在治疗启动后短至3周内即诱导快速的免疫重塑且早于临床症状改善出现其中最早、最显著的变化发生在滤泡辅助T细胞Tfh和浆母细胞两者在临床应答者中选择性下降而在非应答者中基本不变提示其可作为早期疗效预测生物标志物。此外转录组网络分析还鉴定出与MTX暴露相关的新型调控节点包括LMNA、SCO2、GVQW3及GIMAP家族成员功能实验进一步证实MTX可损害浆母细胞的分化发育为理解MTX免疫学机制及指导RA精准治疗提供了重要依据。7 题目Tumour-infiltrating adipocyte-derived 12,13-DiHOME subverts CD8T cell immunity in pancreatic ductal adenocarcinoma by promoting PPARγ-mediated ferritinophagy and tumour-associated neutrophil ferroptosisIF24.6期刊Gut发表日期2026.05DOI: 10.1136/gutjnl-2025-337119此研究揭示了胰腺导管腺癌PDAC中肿瘤浸润脂肪细胞TIA介导免疫抑制的新机制。通过整合正位PDAC小鼠模型、KPC基因工程小鼠、中性粒细胞特异性PPARγ条件敲除小鼠、肿瘤代谢组学、bulk RNA-seq及单细胞RNA测序并在121例患者回顾性队列中进行验证研究发现高TIA丰度与患者总生存期缩短及免疫抑制性肿瘤微环境显著相关。机制上脂肪细胞来源的代谢产物12,13-DiHOME通过激活肿瘤相关中性粒细胞TAN中PPARγ依赖的铁蛋白自噬信号促进TAN发生铁死亡ferroptosis并上调CXCL2分泌进而损害CD8⁺ T细胞功能而遗传或药理学手段阻断该轴、中和CXCL2或封闭CXCR2均可减弱促肿瘤表型并恢复CD8⁺ T细胞功能提示靶向脂肪细胞-TAN免疫代谢回路是缓解PDAC免疫抑制的潜在治疗策略。8 题目High-resolution single-cell mapping of clonal hematopoiesis and structural variation in aplastic anemiaIF13.1期刊Nat GenetDOI: 10.1038/s41588-026-02587-x发表日期2026.05此研究通过对619例再生障碍性贫血AA患者的基因组分析及48份样本共304,902个细胞的**单细胞多组学分析**系统揭示了AA中造血干祖细胞HSPC逃避T细胞免疫攻击的平行进化机制。研究发现69%的AA患者存在克隆性造血其中ASXL1、BCOR和BCORL1是儿童患者中最常见的CHIP突变单细胞多组学揭示了复杂的分支克隆结构每例患者中位存在3个HLA缺失事件且这些事件汇聚性地灭活HLA风险等位基因单细胞全基因组测序WGS在单个患者中最多解析出15个HLA缺失克隆系统发育重建表明这些克隆在诊断前数年即已起源长读长WGS则精确定位了UPD6p断点及HLA甲基化特征。此外HLA缺失与CHIP突变几乎不共存提示两者代表相互独立的免疫逃逸路径而纵向单细胞分析进一步证实长寿命克隆富集于CD34⁺HSPC区室共同揭示了造血细胞通过HLA丢失和CHIP突变两条平行进化路径实现免疫逃逸的核心机制。9 题目:A single-cell multiomic analysis identifies molecular and gene-regulatory mechanisms dysregulated in developing Down syndrome neocortexIF47.3期刊Science发表日期2026.04此研究通过对26例供体人类中期妊娠新皮层进**行单核多组学snMultiomics分析**系统揭示了唐氏综合征DS早期神经发育异常的分子机制。研究发现DS新皮层中神经祖细胞和皮质丘脑神经元数量减少而皮质内神经元增多并伴随神经元规格化进程加速在分子层面基因表达、染色质可及性及细胞互作网络均发生广泛改变涉及神经发生、细胞命运规格化和神经元成熟等关键过程且这些变化部分由21号染色体HSA21编码基因下游的基因调控网络所驱动。此外研究还鉴定出DS与其他神经发育障碍共享的细胞特异性分子通路并在DS相关染色质改变区域发现全基因组关联研究GWAS信号的富集共同勾勒出DS最早期神经发育异常的分子级联调控图谱为未来治疗靶点的开发奠定了重要基础。10 题目Somatic cancer variants enriched in Alzheimer’s disease microglia-like cells drive inflammatory and proliferative statesIF45.1期刊Cell发表日期2026.06DOI: 10.1016/j.cell.2026.03.040本研究通过对311例脑组织样本进行深度1,000×靶向测序发现阿尔茨海默病AD脑组织中癌症驱动基因的体细胞单核苷酸变异sSNVs显著富集尤其集中于克隆性造血CH相关基因且这些变异同时存在于多个脑区的小胶质细胞样脑巨噬细胞MLBMs及配对血液样本中提示其可能源自造血系统。对62例AD及对照脑组织的单核RNA测序进一步揭示AD患者MLBMs中CH相关体细胞拷贝数变异sCNVs显著增加**单细胞多组学分析表明**携带sSNV和sCNV的MLBMs呈现出疾病相关小胶质细胞特征性的炎症和增殖转录特征且这一表型在携带TET2、ASXL1和DNMT3A突变的iPSC来源小胶质细胞样细胞中得到重现共同表明MLBMs中富集的克隆性体细胞驱动突变可能通过促进神经炎症和神经退行性变推动AD的疾病进展。